學校創建于1958年，前身為連云港市衛生學校，1988年經江蘇省人民政府批準更名為江蘇省連云港中藥學校，1996年成為全國中等中醫藥專業教育達標學校，2001年成為國家中醫藥管理局全國11所重點中等中醫藥學校之一。2004年3月，經江蘇省教育廳批準，建立連云港中醫藥高等職業技術學校（同時增掛江蘇聯合職業技術學院連云港中醫藥分院）。2005年1月，被教育部認定為第二批國家級重點中等職業學校。目前，學校在連云港市新區社會事業園區新征凈地215.9畝，按5000人規模進行規劃，整體方案已經確定。